É o líder e fundador da Akatsuki, também é o homem que controla os Pains (sua criação), quase ninguém da Akatsuki sabe de sua existência, a não ser sua amiga de infância e companheira de missões na organização, Konan, seu ex-sensei, Jiraya, e Tobi. É herdeiro do Doujutsu mais poderoso de um dos Fundadores do Mundo Shinobi, o Eremita dos seis caminhos, o Rinnengan. Sua aparência é similar a de Orochimaru, porém mais fraca e todos da Akatsuki não ousam questionar suas ordens, exceto Hidan devido sua religião. Nunca sequer perdeu um combate, porém perdeu pela primeira vez para o ninja Uzumaki Naruto perto das ruínas da Vila oculta da Folha. É um dos mais fortes ninjas que já habitou a terra,devido seus controles de chakra e seus jutsus apavorantes. Possui um jutsu secreto, conhecido como Rikudo no Kuuin que faz ressuscitar shinobis mortos, porem eles são modificados e podem utilizar o tipo de jutsu que quiserem, mas só esse (ex:invocação), todos eles são controlados por Nagato e se intitulam "Pein". Conseguiu também criar um jutsu o Shouten no jutsu que faz clones de qualquer pessoa, recorrendo ao seu chakra, e assim o clone pode usar os jutsus dos originais. Esse jutsu já foi utilizado em prol da Akatsuki.